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Date 2024/01/09 12:16:04
Name 해바라기
Subject [질문] 파이썬 패키지 구동을 위한 그래픽카드 추천 부탁드립니다.
안녕하세요 피식인 여러분.
저는 R과 파이썬을 가지고 여러 데이터셋들을 다뤄보고 있는 생물정보학 입문자입니다.

제가 돌려보려고 하는 패키지에 GPU가 요구됩니다.
(Run remove-background on the dataset using the following command (leave out the flag --cuda if you are not using a GPU… but you should use a GPU!): (출처: https://cellbender.readthedocs.io/en/latest/usage/index.html)

애초에 살 때 CPU만 높였지 그래픽카드는 안 사서 이제 장착해야 하는데,
가격이 꽤나 부담되네요......
제가 전문적으로 생물정보학을 하지는 않을 것 같은데...

이 패키지에서 요구하는 것은 NVIDIA Testla T4 정도 인것 같습니다.
(Processing the full untrimmed dataset requires a CUDA-enabled GPU (e.g. NVIDIA Testla T4) and takes about 30 minutes to finish.)
가격이 후덜덜하네요...ㅠ

혹시 조금 더 저렴한 형태의 GPU는 없을지... 궁금합니다.
(이 패키지 말고 다른 패키지는 잘 돌아가거든요)

현재 사용 중인 컴퓨터 사양은 이렇습니다.
[AMD] 라이젠9 라파엘 7900X (12코어/24스레드/4.7GHz/쿨러미포함/대리점정품)
[GIGABYTE] B650M AORUS ELITE 제이씨현 (AMD B650/M-ATX)
[삼성전자] 삼성 DDR5 32GB PC5-38400 x 4
[삼성전자] 공식인증 970 EVO Plus series 2TB M.2 NVMe 2TB MZ-V7S2T0BW x 2
[FSP] HYDRO G PRO 850W 80PLUS Gold Full Modular ATX 3.0 (PCIE5) (ATX/850W)
[NZXT] KRAKEN X73 [CPU쿨러]
[SEAGATE] BARRACUDA HDD 8TB ST8000DM004|8TB ST8000DM004 (3.5HDD/ SATA3/ 5400rpm/ 256MB/ SMR+MTC) x 2
[잘만] i3 NEO (미들타워)
[컴퓨존] 수랭쿨러 추가 조립비 (조립PC에 수랭쿨러 탑재 시 필수)

생각하는 예산은... NVIDIA Testla T4 보다는 좀 저렴한 것.... 입니다.

잘 부탁드립니다.
새해 복 많이 받으세요!

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덴드로븀
24/01/09 12:32
수정 아이콘
해당 문서에 보면 cuda 쓰는것 같은데 그냥 예산에 맞는 CUDA 코어가 많은 RTX 버전을 사면 되지 않을까 싶긴 합니다.

T4 cuda코어가 2,560 개로 나오고

80만원대 RTX 4070 cuda코어는 5888개입니다.
해바라기
24/01/09 13:17
수정 아이콘
감사합니다! 참고해서 구매해보겠습니다!
성야무인
24/01/09 12:54
수정 아이콘
정확히 용도가 어떤건가요?

Human Cel인가요? 아니면 Human 제외한 Mammalian Cell인가요

RNA긴 헌데 Plasmid DNA쪽의 transcription RNA인가요?

아니면 chromosomal DNA의 transcription RNA인가요?

그것도 아니면 둘다거나 reverse transcription에 대한 single cell내 RNA를 찾기 위함인가요?

단순히 reverse transcription관련이면 굳이 좋은 그래픽 카드를 살 필요는 없구요.

Single Cell내에 RNA에 대한 모든걸 분석하겠다고 한다면야 좋은 걸 쓰는게 맞겠죠.

그전에 Cellblender랑 NIH BLAST랑 연동해서 쓰실건지요?

전문적이 아니고 분석량이 적으면 지금사양에도 충분하긴 하겠지만

(물론 세포의 종류 및 유래한 세포가 복잡한 구조가 아니라면 또 달라지겠지만)

뭘 하실건지 정확히 방향을 잡고 계시지 않으면 괜시리 돈만 낭비할 수도 있습니다.
해바라기
24/01/09 13:17
수정 아이콘
전문자 분이시라서 역시 질문이 다르네요 덜덜
제 목표는 human/mouse에서 single nucleus RNA-seq 데이터를 가공하는 것입니다.
이미 CellRanger로 annotation된 Feature-Barcode Matrix 파일을 사용할 것이구요. (fastq 파일을 직접 가공하지는 않을 생각입니다)
Raw matrix 파일을 가공할 것이고, 최대 세포(핵) 숫자는 20~30만개 정도가 될 예정입니다.
NIH BLAST랑 연동하거나 DNA 정보를 사용하지는 않을 예정이구요.
완전히 RNA만 볼 예정입니다.
CellBender 패키지가 raw matrix에서 ambient RNA를 잡아주는 패키지인데, 이것만 사용할 생각입니다.
(다시 말해 CellBender 하나 쓰려고 이만한 돈을 투자하기는 아깝다.... 라는게 제 생각인거죠 흑흑)
성야무인
24/01/09 13:57
수정 아이콘
아마 참고가 될지는 모르겠지만

single nucleus RNA-seq의 경우 어떤 상태였느냐에 따라서도 상당부분 달라질 수 있습니다.

일단 sc-RNA의 경우 복제, 분화 그리고 세포외 단순 호르몬 작용에 의한 molecular signaling pathway에 따라서

chromosome puffing에 의해 특정 단백질에 생성에 연계해서

실제 RNA의 expression에 대한 양적 변화 때문에 분석해야 하는 숫자가 달라질 수 있습니다.

만약에 정말 20-30만개 세포의 proliferation factor를 볼려고 RNA를 분석한다면

이게 분석하는 동안 세포 숫자가 늘어날 수도 있어서 마지막에 분석하는 세포의 숫자가 2배 이상도 될 수 있습니다.
덴드로븀
24/01/09 13:20
수정 아이콘
교수님...무서워요...
봉그리
24/01/09 14:47
수정 아이콘
속도만 보면 rtx 3060에게도 50% 느릴 정도로 구형이지만 VRAM 16G는 무시못할 장점이겠네요.
해바라기
24/01/09 21:54
수정 아이콘
감사합니다!
Blooming
24/01/09 16:29
수정 아이콘
Testla T4를 최저예산으로 커버하려면 4060 TI 16GB 정도면 될것 같은데요.
해바라기
24/01/09 21:55
수정 아이콘
감사합니다!
추천해주신 품목을 살 것 같네요. 감사합니다!
BlueTypoon
24/01/09 19:46
수정 아이콘
해당 분야는 모르지만 보통 cuda에서는 속도, 드라이버, vram 영향이 큰데 드라이버는 옛 gpu만 아니면 상관없고 속도도 감수하면 되는데 vram은 부족하면 아예 안돌아갑니다. Vram 사용량 확인이 가능하다면 그 사양으로 견적내면 될 것 같아요.
해바라기
24/01/09 21:55
수정 아이콘
VRAM 잘 체크해서 사보려구합니다.
감사합니다!
여의도더현대
24/01/10 07:35
수정 아이콘
vram만 체크하시면 되요. 부담되시면 colab쓰세요. 저도 후배들에게 무리해서 컴퓨터 맞추지말고 colab잠깐 쓰고 나오라고 얘기합니다. aws쿠폰 있으시면 aws도 쓰시구요 흐흐.. 좋은 논문 쓰시길
여의도더현대
24/01/10 07:36
수정 아이콘
아. 저는 rtx4090 이랑 rtx4070 둘다 가지고 있습니다. (자랑)
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